京车公司自2014年开始，对陆续进入120万公里修程的北京地铁13号线电动客车进行厂修改造设计，截止至2018年完成了全部55列、330辆车的厂修任务。对列车进行了相应的改造设计：贯通道改造，取消端部拉门增加了贯通道内饰板，实现了全列车客室内的贯通；司机室风道及辐流风机改造，增加了司机室的送风量和客室送风的均匀性，提高了乘客的舒适度；网络系统进行了国产化，增加了数据记录容量，提升了故障分析效率；头尾灯按照原车造型重新进行了设计，更换为LED灯；客室灯更换为LED灯管，提升了照明效果；增加了专用的空调控制器，并设置客室电热控制功能；制动系统在厂修过程中对缓解塞门位置进行改造，将其移至车厢内部，极大的便利了驾驶员处理故障的操作；车轮减噪方案中采用阻尼环代替传统的螺栓安装的阻尼器，提高了安全性和可靠性，降低了维护维修成本。